Laguna Grande beherbergt die dichteste Konzentration von Pyrodinium bahamense Dinoflagellaten in der westlichen Hemisphäre — oft über 720.000 Organismen pro Gallone. Die Bucht liegt innerhalb des 316 Hektar großen Naturschutzgebiets Las Cabezas de San Juan, das 1975 gegründet und seit 1991 von Para la Naturaleza verwaltet wird. Die schmale Kanalöffnung und die geringe Tiefe sorgen für stehende Salinität und nährstoffreiches Mangrovenwasser, die die Populationen das ganze Jahr über erhalten, im Gegensatz zu saisonalen Buchten anderswo in der Karibik. Das Reservat schützt sieben verschiedene Ökosysteme innerhalb einer einzigen Landzunge: Trockenwald, Sandstrand, Lagune, Mangroven-Feuchtgebiet, Korallenriff, Felsküste und das Gelände des kolonialen Leuchtturms. Die biolumineszente Lagune nimmt den nordwestlichen Quadranten ein, gespeist durch den Gezeitenaustausch über einen 50 Meter langen Kanal zwischen roten und schwarzen Mangrovenwurzeln. Kajaktouren starten nach Sonnenuntergang, wenn die Dunkelheit den Abwehrmechanismus der Dinoflagellaten auslöst — eine chemische Reaktion zwischen Luciferin und Luciferase, die bei jeder Störung kaltes blau-grünes Licht erzeugt. Das Leuchten ist am hellsten bei Neumond und nach Regenfällen, wenn Abfluss frische Nährstoffe liefert. Der Leuchtturm von Las Cabezas, fertiggestellt 1882, verankert die östliche Spitze des Reservats auf 85 Metern über dem Meeresspiegel. Sein neoklassizistischer Turm leitete Schiffe ein Jahrhundert lang durch die Vieques-Passage, bevor er 1989 automatisiert wurde. Das Bauwerk beherbergt heute Ausstellungen zur maritimen und ökologischen Geschichte der Insel. Besucher, die zur Kajaktour durch die biolumineszente Bucht von Las Cabezas de San Juan kommen, verbinden das Paddeln oft mit einem Tagesbesuch des Reservats, das Bohlenwege durch die Mangroven und Aussichtsplattformen über Korallenformationen im flachen Wasser umfasst. Der Schutzstatus des Reservats begrenzt die nächtliche Kapazität auf 200 Paddler, verteilt auf lizenzierte Anbieter. Reiseleiter setzen No-Wake-Zonen in der Nähe von Nistkolonien durch und beschränken das Paddeln auf ausgewiesene Routen innerhalb der 15 Hektar großen Lagunenoberfläche. Die Beschränkung bewahrt die Wasserklarheit und verhindert durch Propeller verursachte Störungen — Faktoren, die in unregulierten Buchten in den Tropen zum Zusammenbruch der Biolumineszenz geführt haben. Die Gesundheit der Laguna Grande macht sie zum verlässlichsten Ort für das Phänomen des lebenden Lichts in Puerto Rico, das nur dort fortbesteht, wo Lebensraum und Zugang im Gleichgewicht sind.