A Laguna Grande possui a concentração mais densa de dinoflagelados Pyrodinium bahamense no Hemisfério Ocidental — frequentemente excedendo 720.000 organismos por galão. A baía está localizada dentro da Reserva Natural Las Cabezas de San Juan, de 316 acres, estabelecida em 1975 e gerida pela Para la Naturaleza desde 1991. Sua abertura estreita de canal e baixa profundidade criam a salinidade estagnada e os nutrientes ricos em mangue que sustentam populações visíveis durante todo o ano, ao contrário de baías sazonais em outros lugares do Caribe. A reserva protege sete ecossistemas distintos dentro de um único promontório: floresta seca, praia arenosa, lagoa, manguezal, recife de coral, costa rochosa e terrenos do farol colonial. A lagoa bioluminescente ocupa o quadrante noroeste, alimentada pela troca de marés através de um canal de 50 metros esculpido entre raízes de mangue vermelho e preto. Os passeios de caiaque partem após o pôr do sol, quando a escuridão desencadeia o mecanismo de defesa dos dinoflagelados — uma reação química entre a luciferina e a luciferase que produz uma luz azul-esverdeada fria a cada perturbação. O brilho é mais intenso durante as luas novas e após a chuva, quando o escoamento traz nutrientes frescos. O farol de Las Cabezas, concluído em 1882, ancora a ponta leste da reserva a 85 metros acima do nível do mar. Sua torre neoclássica guiou embarcações através da Passagem de Vieques por um século antes da automação em 1989. A estrutura agora abriga exposições sobre a história marítima e ecológica da ilha. Os visitantes que chegam para o passeio de caiaque na baía bioluminescente de Las Cabezas de San Juan frequentemente combinam a remada com o acesso à reserva durante o dia, que inclui trilhas em passarelas pelos mangues e plataformas de observação com vista para formações de corais nas águas rasas. O status de proteção da reserva limita a capacidade noturna de passeios a 200 remadores, distribuídos entre operadores licenciados. Os guias aplicam zonas de não perturbação perto de colônias de nidificação e restringem as remadas a rotas designadas dentro da superfície de 15 acres da lagoa. A restrição preserva a clareza da água e evita a perturbação por hélices, fatores que causaram o colapso da bioluminescência em baías não regulamentadas nos trópicos. A saúde da Laguna Grande a torna o local mais confiável para testemunhar a luz viva em Porto Rico, um fenômeno que persiste apenas onde o habitat e o acesso são equilibrados.