Laguna Grande alberga la mayor concentración de dinoflagelados Pyrodinium bahamense en el hemisferio occidental, superando a menudo los 720,000 organismos por galón. La bahía se encuentra dentro de la Reserva Natural Las Cabezas de San Juan, de 316 acres, establecida en 1975 y gestionada por Para la Naturaleza desde 1991. Su apertura de canal estrecho y su poca profundidad crean la salinidad estancada y los nutrientes ricos en manglares que sustentan poblaciones visibles durante todo el año, a diferencia de las bahías estacionales en otras partes del Caribe. La reserva protege siete ecosistemas distintos dentro de un mismo promontorio: bosque seco, playa de arena, laguna, humedal de manglares, arrecife de coral, costa rocosa y terrenos del faro colonial. La laguna bioluminiscente ocupa el cuadrante noroeste, alimentada por el intercambio de mareas a través de un canal de 50 metros excavado entre raíces de manglar rojo y negro. Los tours en kayak salen después del atardecer, cuando la oscuridad activa el mecanismo de defensa de los dinoflagelados: una reacción química entre la luciferina y la luciferasa que produce una luz azul-verde fría con cada perturbación. El brillo es más intenso durante las lunas nuevas y después de la lluvia, cuando la escorrentía aporta nutrientes frescos. El faro de Las Cabezas, terminado en 1882, ancla el extremo oriental de la reserva a 85 metros sobre el nivel del mar. Su torre neoclásica guio a las embarcaciones a través del Pasaje de Vieques durante un siglo antes de su automatización en 1989. La estructura ahora alberga exposiciones sobre la historia marítima y ecológica de la isla. Los visitantes que llegan para el tour en kayak por la bahía bioluminiscente Las Cabezas de San Juan a menudo combinan el paseo con el acceso diurno a la reserva, que incluye senderos sobre tablones a través de los manglares y plataformas de observación con vista a las formaciones de coral en las aguas poco profundas. El estado de protección de la reserva limita la capacidad de los tours nocturnos a 200 kayakistas, distribuidos entre operadores autorizados. Los guías hacen cumplir las zonas de no oleaje cerca de las colonias de anidación y limitan los recorridos a rutas designadas dentro de los 15 acres de superficie de la laguna. La restricción preserva la claridad del agua y evita las perturbaciones de las hélices, factores que han colapsado la bioluminiscencia en bahías no reguladas en todos los trópicos. La salud de Laguna Grande la convierte en el lugar más confiable para presenciar la luz viva en Puerto Rico, un fenómeno que persiste solo donde el hábitat y el acceso están equilibrados.